교정행정을 총괄하는 중앙기구로는 법무부장관과 법무부차관 아래에 교정본부장이 있고, 교정행정 전반에 걸쳐 교정본부장을 보좌하는 기구로서 교정정책단장과 보안정책단장이 있으며, 각 소관업무에 관하여 정책을 입안하는 교정기획과, 직업훈련과, 사회복귀과, 복지과, 보안과, 의료과, 분류심사과, 심리치료과 등 8개과를 두고 있다.

지방교정청은 소속기관 업무집행의 지휘감독을 관장하는 중간 감독기관으로서 1991년 11월부터 서울·대구·대전·광주지방교정청을 설치·운영하고 있다. 기구로는 총무과, 보안과, 사회복귀과를 두고 있으며, 서울지방교정청에는 분류센터와 전산 관리과를 별도로 두고 있다.

현재 전국에는 교도소 39개(민영 포함) 기관, 구치소 11개 기관, 지소 3개 기관 등 총 50개의 교정기관이 있으며, 교도소는 수형자 형 집행 업무 및 교정교화를 통한 사회복귀 지원에 관한 사무와 미결수용자의 수용에 관한 업무를 관장하고, 구치소는 주로 미결수용 업무를 관장한다.
부속 기구로는 교도소와 구치소 공통부서로 총무과, 보안과, 직업훈련과(수용기록과), 사회복귀과, 복지과, 의료과를 두고 있으며, 그 외 기관 특성 및 기능에 따라 출정과, 분류심사과, 민원과, 시설과, 국제협력과 등을 두고 있다.